‘어린이신문은 학교가 아닌 가정에서 자율적으로 구독하게 하고, 특정 신문을 획일적으로 학습 보조 자료로 활용하지 못하도록 하라.’ 2006년 정부는 이 같은 공문을 일선 교육청에 내려 보냈다. 학교와 신문사간의 리베이트 때문이었다. 2004년 동아일보와 조선일보, 한국일보가 만든 ‘서울어린이후원회’는 서울 지역 431개 초등학교에 24억5696만원의 기부금을 지불했는데, 그 해 국정감사에서 이 기부금이 불법찬조금 내역으로 공개돼 파문이 일었다. 2005년에도 서울 지역 초등학교 556곳 가운데 70.3%인 391개교가 27만3143명의 초등학생에게 어린이신문을 단체구독시켰고, 이 가운데 347개교에 17억여원의 기부금이 지불된 것으로 드러났다.

이 같은 문제로 어린이신문 단체구독은 “정권에 비판적인 동아·조선일보가 어린이신문을 발행하는 것을 겨냥한 조치”라는 비판에도 2006년 전면 금지됐다. 그러나 이 지침은 오래가지 못했다. 시행 2년 만인 2008년 4월15일, 교육과학기술부는 어린이신문 단체구독 결정권을 학교운영위원회와 학교장 자율 권한으로 이관하며 사실상 단체구독 금지지침을 폐지했다. 기자협회보는 4월30일자 관련 기사에서 “금지지침이 폐지되며 15개 시·도 교육청으로 단체구독이 확대될 기미를 보이고 있다”며 “어린이신문 시장 규모도 500억원에서 1000억원대에 이를 것으로 전망되고 있다”고 보도했다.

조선일보와 동아일보 한국일보 등 발행사들도 금지지침 폐지를 반기는 동시에 어린이신문의 학습효과를 강조했다. 조선일보는 당시 기사를 통해 “신문 활용수업은 세계적인 추세”라는 서울초등학교장협의회의 말을 인용했고, 소년한국일보 역시 <신문은 최고의 학습교재> 등의 기사로 금지지침 폐지를 반겼다. 그러나 전국교직원노동조합 등 시민·교육단체들은 지침 폐지에 크게 우려했다. 기자협회보는 “지침이 폐지되자 시민·교육단체들은 학교와 신문사간의 물밑 거래, 불법 리베이트, 어린이신문 독과점 현상, 어린이신문 강매 등을 우려하고 있다”고 전했다.

한때 ‘황금 알을 낳는 거위’로까지 불렸던 어린이신문 시장은 그러나 현재, 점점 축소되고 있다. 한국ABC협회에 따르면 5년 전인 2016년 일간신문 부수공사에서 어린이조선일보와 어린이동아의 유료부수는 8만7418부, 8만5954부였지만 2021년 부수공사에선 4만3109부, 5만9378부로 각각 50.7%, 30.9%씩 줄어들었다.