참여연대가 유엔 안전보장이사회에 정부의 천안함 조사 결과에 의혹을 제기하는 문건을 제출한 사실이 알려지자 정부·여당은 물론 보수단체의 공세가 거세다. 국민 동아 문화 세계 중앙 조선 등 주요 일간지들도 사설을 통해 참여연대를 원색적으로 비판하고 있다.

그러나 고 김대중 대통령이 한국인 최초로 노벨평화상을 수상한 2000년 당시 한나라당 원외 지구당 위원장들의 ‘노벨상 저지운동’ 움직임이나 한국에서 1백50통의 반대 편지가 노벨위원회에 접수됐던 일에 대해 주요 신문들이 특별히 비판하지 않았던 것과는 비교된다는 의견도 나온다. 

반면 2002년 뉴스위크 한국판이 최규선씨가 작성한 노벨상 수상 극비 로비 계획 문건을 보도하자 주요 신문들은 이를 일제히 인용하며 진상규명을 요구했다. 당시 중앙일보는 자매지인 뉴스위크의 폭로에도 “최규선씨와 정부의 연결고리를 단정할 수 없다”며 신중히 보도한 것에 비해 조선일보, 동아일보는 대서특필해 화제가 되기도 했다.

2008년 전직 국정원 직원인 김기삼씨가 노벨상 국정원 로비설을 제기했을 때도 주요 신문들은 공세적으로 보도했다. 이는 천안함 조사 결과에 대한 의문 제기조차 친북행위로 간주하는 최근의 보도와는 다른 양상이라는 주장이다.

참여연대의 활동을 비판적으로 볼 수는 있지만 이를 반국가적 행위로 모는 것은 도를 넘어선 것이라는 목소리도 나온다.

원로 언론인 성한표씨는 “일부 신문이 NGO(비정부기구)가 국제무대에서 자국 정부를 비판하는 것은 있을 수 없는 일처럼 보도하는데, 이는 ‘팩트’ 자체가 잘못된 것”이라며 “참여연대의 주장 역시 정부의 제시한 근거가 설득력이 부족하다는 것인데 마치 북한을 두둔한 것처럼 몰아가고 있다”고 지적했다.

한 중도 성향의 시민단체 활동가는 “사실상 NGO의 UN 의견 제출이 큰 실익이 없고, 국내에서 논란이 예상되는 가운데 문건을 보낸 것이 적절한 판단이었는지는 시민단체 활동가들 사이에서도 의견이 엇갈린다”면서도 “참여연대는 국제적인 사업을 활발히 벌여왔으며 이번도 그런 일상적 활동 가운데 하나이므로 큰 틀에서는 문제가 없다는 시각이 많다”고 말했다.