농림식품부는 PD수첩을 명예훼손 혐의로 검찰에 고발하면서 7가지 쟁점을 제시했다. PD수첩 번역작가인 정모씨도 PD수첩 광우병 보도에 대해 의도적 오역 등의 문제를 제기했다. 조선 중앙 동아일보 등도 이와 관련해 여러 가지 의혹을 보도했다. 이중 가장 논란이 되는 양측의 주장을 간추려 본다.

다우너 소=광우병?
PD수첩이 다우너 소를 광우병과 연결시킨 것은 왜곡이라는 주장이다. 소가 주저앉는 원인에는 여러 가지가 있고 광우병은 미미한 가능성을 가진 한 요소 가운데 하나라는 것이다.
PD수첩은 광우병 소의 대표적인 증세가 주저앉는 것이며 방송에서 주저앉는 증상을 보이는 소가 곧 광우병 소라고 지칭한 적이 없다는 입장이다. 또한 6월24일 방송에서 이를 이미 해명했다고 밝혔다. 이같은 오해를 불러일으킬 만한 진행자의 멘트는 생방송 중 곧바로 정정했다는 주장이다.

아레사 빈슨의 사인
PD수첩이 인간광우병 의심 진단을 받고 숨진 아레사 빈슨 어머니가 인터뷰에서 한 “딸이 CJD(클로이츠펠트야콥병)로 죽었을 가능성이 높다”는 말을 vCJD(인간광우병)로 자막 처리했다는 논란이다. 조선 중앙 동아일보는 이 부분을 집중 추궁했다.
PD수첩은 빈슨의 어머니가 인터뷰 도중 전문용어를 혼동해서 CJD라고 말한 것으로 보고 vCJD로 자막을 넣었다고 반박했다. 이 부분에 대해서는 오역 문제를 제기한 작가 정모씨도 아레사 빈슨의 어머니가 vCJD와 CJD를 혼동해서 말했고 결국은 인간광우병으로 의심하고 있었다고 밝혔다.

SRM(특정위험물질)의 범위
국제수역사무국(OIE)의 기준 상 30개월 미만 소의 뇌, 눈 등 5개 부위는 SRM이 아닌데도 PD수첩은 정부가 SRM인 이 5개 부위를 수입하기로 했다고 보도했다는 주장이다.
PD수첩은 OIE의 기준은 절대적이지 않으며 미국, 유럽연합, 일본의 SRM 기준이 모두 다르다고 반박한다. 또 지난해 9월 농식품부가 주최한 전문가 회의에서도 이를 포함한 총 7개 부위를 SRM으로 판단했다고 주장했다.

한국인의 광우병 취약성
PD수첩이 우리나라 사람들은 MM유전자형이 많으며 이 유전자를 가진 사람들은 광우병에 걸릴 확률이 높다고 보도했으나 특정 유전자형이 광우병에 취약하다고 볼 수 없다는 것이다. PD수첩 측은 MM유전자의 광우병 취약성은 이미 해외 학계의 논문을 통해 보고된 바 있으며 지난해 정부 주관 전문가 회의에서도 인정한 것이라고 주장한다.

일부 내용 고의 누락
번역작가인 정모씨는 PD수첩 측이 전체 기획 의도에 어긋난다고 판단되는 취재 내용을 고의적으로 누락시켰다고 주장했다. 아레사 빈슨 어머니가 딸의 사망원인 가운데 위절제수술 후유증 가능성을 언급한 부분, 미국 현지인들이 광우병 위험을 심각하게 생각하지 않는다고 한 인터뷰 내용 등이다.
PD수첩은 아레사 빈슨이 위절제 수술 과정에서 CJD에 감염됐을 가능성이 제기됐으나 22세의 젊은 여성이 위 절제 수술 후 3개월 만에 CJD로 사망했다는 가능성은 일단 없다는 사실을 의학박사와 역학전문가로부터 확인했다는 입장이다. 인터뷰한 미국 시민 가운데 한명은 “쇠고기를 그다지 많이 안 먹어 관심이 별로 없다”고 대답했으며 나머지는 “지금은 안전하다고 생각하나 인간 광우병이 발생한다면 미국 쇠고기에 대해 믿지 못할 것”이라고 해 의미가 없다고 판단, 방송하지 않았다고 반박했다.