시사저널은 수많은 특종과 의미있는 기사를 남겼다.
1998년 ‘안기부의 북풍 공작’을 특종 했으며 ‘안기부 조직표’를 처음 공개했다. 이를 취재한 김당 기자는 한국기자협회가 주는 이달의 기자상, 한국기자상을 받았다. 특히 안기부 조직표는 3년에 걸친 취재의 결과로 알려져 눈길을 끌었다.

1999년 김훈 중위 의문사 추적 보도는 9개월간 취재를 통해 ‘판문점 경비 부대원들이 북한 측과 접촉해 왔다’는 사실을 알렸다.

우여곡절을 겪은 기사로는 1997년 ‘밀가루 북송’보도가 있다. 당시 김영삼 정부는 북한에 대한 식량지원을 중단한다는 방침을 대외적으로 천명했다. 그러나 기업들의 자금 지원으로 96년 여름부터 북한에 밀가루를 전달했다는 사실이 시사저널 취재결과 밝혀졌다. 이 기사는 마감 전 청와대와 안기부의 강력한 항의를 받았다. 당시 경영진은 편집국의 반대 속에서도 ‘사건 당사자들이 제소해 올 경우 이를 방어할 증거 자료가 없어 일단 청와대의 요청을 받아들인다’고 결정을 내렸다. 그러나 11월 국회에서 이 문제가 폭로되자, 청와대는 편집국장·편집장·취재 기자 3명을 고소·고발했다. 증거 자료를 보강하기 위해 중국에 다녀오던 이교관 기자는 공항에서 긴급 구속됐으나 검찰의 구속영장 기각으로 석방됐다. 시사저널은 결국 증거를 보강해 1997년 3월 ‘청와대, 북한에 밀가루 극비 제공’ 기사를 내보냈다.

시사저널은 사진 특종에도 강했다. 1991년 5월, 노태우 정권에 항의하는 대학생들의 분신이 이어지던 때 홍콩의 영자신문 ‘사우스 차이나 모닝 포스트’의 브루스 채프먼 기자는 시위군중들이 분신한 여성을 방치하고 그를 구하려는 자신을 저지했다는 기사를 내보냈다. 시위대의 도덕성이 의심받은 것이다. 당시 시사저널 김봉규 기자는 시위 군중들이 분신 여성을 구하려고 몸을 던지는 장면을 담은 사진을 촬영, 공개해 진실을 지켰다.

그밖에 매국노 이완용의 증손자 이윤형씨가 이완용 명의 땅 수천만 평을 되찾으려 한다는 보도, 북한 남침을 대비해 한미연합사가 세운 5단계 작전 계획을 밝힌 보도, 쿤사의 마약 왕국을 취재한 보도, 5·18 당시 미국이 전두환의 집권에 협조했음을 밝히는 극비 문서를 공개한 보도도 손꼽힌다.

시사저널은 ‘평가 저널리즘’을 도입했다. 제108호에 시도한 ‘정치인 자질 평가’는 그 시효였다. 서울대 김광웅 교수팀과 정치부가 함께 처음 13대 국회의원들의 ‘의정 활동 성적표’를 매긴 결과 종합 1위는 이해찬 의원이었다. 1999년에는 동 티모르 취재팀이 생명을 건 현장 취재를 마치고 ‘딜리 탈출기’를 내보냈다.

‘대우의 해외 비밀계좌 BFC’(2000년) 등도 한국기자협회가 주는 이달의 기자상을 받는 등 시사저널이 만들어낸 양질의 특종이었다.